Marlies Fritzen wurde am 13. Februar 1962 in Coesfeld in Nordrhein-Westfalen geboren. Nachdem sie die Schule 1981 mit dem Abitur abschloss, absolvierte sie bis 1983 eine Ausbildung zur Redakteurin bei der Münsterschen Zeitung. Anschließend folgte ein Studium der Geschichte und Germanistik an der Universität Augsburg, das sie 1989 mit einem Magister beendete. Nach dem Ende ihres Studiums arbeitete Marlies Fritzen bis 2000 als Lehrkraft für Deutsch als Fremdsprache, Geschichte und Deutsch in Lübeck. Von 2001 bis 2004 war sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin für die Kulturstiftung Hansestadt Lübeck tätig und von 2004 bis 2006 als Referentin für Presse- und Öffentlichkeitsarbeit der St. Petri Kirche zu Lübeck.

Von 2003 bis zum Einzug in den Landtag im Oktober 2009 war sie Mitglied der Kreistagsfraktion der Grünen in Ostholstein; von 2005 bis 2009 Landesvorsitzende der Grünen in Schleswig-Holstein.